Thứ nhất, trường hợp cơ quan có thẩm quyền có hướng dẫn về khoản thu nhập chịu thuế tính trước 5,5% trong suất vốn đầu tư và khoản chi phí kiểm định chất lượng, chứng nhận phù hợp chất lượng công trình, quan trắc lún nghiêng, đánh giá tác động môi trường…
Thứ hai, là trường hợp các nội dung kiến nghị của Thanh tra Chính phủ, Kiểm toán Nhà nước và các cơ quan có thẩm quyền yêu cầu xác định lại nghĩa vụ tài chính hoặc chủ đầu tư được cơ quan có thẩm quyền cho phép điều chỉnh quyết định giao đất, thay đổi chỉ tiêu số liệu diện tích, công năng sử dụng… của công trình xây dựng.
Cục thuế Hà Nội có trách nhiệm hướng dẫn chủ đầu tư nộp nghĩa vụ tài chính vào ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật.
UBND TP cũng yêu cầu Chủ đầu tư liên hệ với Sở TN&MT, Cục thuế Hà Nội để được hướng dẫn thực hiện nghĩa vụ tài chính về đất; thực hiện khoản nghĩa vụ tài chính bổ sung (nếu có) theo quy định và theo cam kết của Công ty.
Đồng thời, yêu cầu chủ đầu tư liên hệ với Sở TN&MT để xác định nghĩa vụ tài chính bổ sung (nếu có) nộp ngân sách nhà nước theo quy định khi được cơ quan có thẩm quyền cho phép điều chỉnh quyết định giao đất, thay đổi chỉ tiêu số liệu diện tích, công năng sử dụng… của công trình xây dựng.
