Trên cơ sở kết quả cuộc họp của Ban Chỉ đạo, Bộ Nội vụ đề nghị Bộ NN&PTNT nghiên cứu, hoàn thiện hồ sơ xây dựng dự thảo Nghị định quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ NN&PTNT.
Về vị trí, chức năng, thống nhất với đề xuất của Bộ NN&PTNT về việc giữ ổn định vị trí, chức năng như quy định tại Nghị định số 15 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ.
Bộ Nội vụ đề nghị Bộ NN&PTNT rà soát, hoàn thiện bảo đảm phù hợp với quy định của pháp luật chuyên ngành và phân công của Chính phủ; phải bảo đảm không được chồng chéo, trùng lặp, đẩy mạnh phân cấp, phân quyền và thực hiện nguyên tắc một cơ quan thực hiện nhiều việc và một việc chỉ giao cho một cơ quan chủ trì thực hiện và chịu trách nhiệm chính.
Bộ Nội vụ thống nhất với đề xuất của Bộ NN&PTNT về việc kiện toàn cơ cấu tổ chức của Bộ, gồm tổng số 27 đầu mối, trong đó 21 tổ chức hành chính và sáu đơn vị sự nghiệp công lập.
Đối với 4 Tổng cục gồm : Tổng cục Thủy sản, Tổng cục Thủy lợi, Tổng cục Lâm nghiệp, Tổng cục Phòng, chống thiên tai dự kiến phương án sắp xếp theo hướng như sau:
-Tổng cục Lâm nghiệp: Tổ chức lại thành hai Cục Lâm nghiệp và Cục Kiểm lâm.
-Tổng cục Thủy sản, tổ chức lại thành hai Cục Thủy sản và Cục Kiểm ngư.
-Tổng cục Thủy lợi tổ chức lại thành Cục Thủy lợi.
-Tổng cục Phòng, chống thiên tai, tổ chức lại thành Cục Phòng, chống thiên tai.
Đối với các cục trực thuộc Bộ, tiếp tục duy trì 6 cục, gồm: Cục Trồng trọt; Cục Bảo vệ thực vật; Cục Chăn nuôi; Cục Thú y; Cục Quản lý xây dựng công trình; Cục Kinh tế hợp tác và Phát triển nông thôn, bảo đảm đáp ứng tiêu chí thành lập theo quy định.
Hợp nhất Cục Chế biến và Phát triển thị trường nông sản với Cục Quản lý Chất lượng nông lâm sản và thủy sản thành Cục Quản lý chất lượng, chế biến và thị trường nông sản.
Giữ ổn định đối với các vụ và Văn phòng, Thanh tra ; tiếp tục duy trì 6 vụ, gồm: Vụ Tổ chức cán bộ, Vụ Hợp tác quốc tế, Vụ Khoa học và Công nghệ và Môi trường, Vụ Kế hoạch, Vụ Tài chính, Vụ Pháp chế; đồng thời sáp nhập Vụ Quản lý doanh nghiệp vào Vụ Tài chính.
Bộ Nội vụ đồng ý tiếp tục duy trì 3 đơn vị sự nghiệp công lập gồm: Viện Chính sách và Chiến lược phát triển nông nghiệp nông thôn; Báo Nông nghiệp Việt Nam; Tạp chí Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
Đổi tên 2 đơn vị sự nghiệp công lập gồm : Trung tâm Tin học và Thống kê thành Trung tâm Chuyển đổi số và Thống kê nông nghiệp; Trường Cán bộ quản lý nông nghiệp và Phát triển nông thôn I thành Trường Cán bộ quản lý nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
Đưa Trung tâm Khuyến nông Quốc gia vào cơ cấu tổ chức của Bộ để xác định rõ đơn vị phục vụ quản lý nhà nước trong hoạt động khuyến nông.
Thống nhất tổ chức lại Trường Cán bộ quản lý nông nghiệp và Phát triển nông thôn II thành Trường Chính sách công và phát triển nông thôn và không quy định trong cơ cấu tổ chức của Bộ để chuyển sang hoạt động theo mô hình tự chủ và mở rộng phạm vi hoạt động cung ứng dịch vụ sự nghiệp công, đáp ứng yêu cầu xã hội. Bên cạnh đó, Bộ NN&PTNT cũng không tổ chức phòng trong Vụ.
Bộ Nội vụ đề nghị Bộ NN&PTNT tiếp thu ý kiến của Ban Chỉ đạo và Thủ tướng Chính phủ, hoàn thiện hồ sơ xây dựng dự thảo Nghị định, trình Chính phủ trước 28-4-2022.
Năm 2017, Chính phủ đã ban hành Nghị định 15/2017/NĐ-CP quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn gồm có 27 đơn vị gồm:
1- Vụ Kế hoạch; 2- Vụ Tài chính; 3- Vụ Khoa học, Công nghệ và Môi trường; 4- Vụ Hợp tác quốc tế; 5- Vụ Pháp chế; 6- Vụ Tổ chức cán bộ; 7- Vụ Quản lý doanh nghiệp; 8- Văn phòng Bộ; 9- Thanh tra Bộ; 10- Cục Trồng trọt; 11- Cục Bảo vệ thực vật; 12- Cục Chăn nuôi; 13- Cục Thú y; 14- Cục Quản lý xây dựng công trình; 15- Cục Kinh tế hợp tác và Phát triển nông thôn; 16- Cục Quản lý Chất lượng nông lâm sản và thuỷ sản; 17- Cục Chế biến và Phát triển thị trường Nông sản; 18- Tổng cục Lâm nghiệp; 19- Tổng cục Thuỷ sản; 20- Tổng cục Thuỷ lợi; 21- Tổng cục Phòng, chống thiên tai; 22- Viện Chính sách và Chiến lược phát triển nông nghiệp nông thôn; 23- Trường Cán bộ Quản lý Nông nghiệp và Phát triển nông thôn I; 24- Trường Cán bộ Quản lý Nông nghiệp và Phát triển nông thôn II; 25- Trung tâm Tin học và Thống kê; 26- Báo Nông nghiệp Việt Nam; 27- Tạp chí Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
Trước đó vào ngày 28/2/2022, Thủ tướng Phạm Minh Chính ký Công điện hỏa tốc về việc sắp xếp tổ chức hành chính và đơn vị sự nghiệp công lập của bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, UBND cấp tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương.
Công điện gửi Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ; Chủ tịch UBND các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương.
Theo đó, Thủ tướng Phạm Minh Chính chỉ đạo các bộ, ngành khẩn trương rà soát và đẩy mạnh việc sắp xếp, tinh gọn đầu mối tổ chức bộ máy bên trong của các bộ, ngành theo Thông báo số 16 ngày 21/1 của Ban Chỉ đạo Đổi mới, sắp xếp tổ chức bộ máy của bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ.
